Pemindahan pusat kerajaan dari satu tempat ke tempat lainnya sudah mentradisi pada Kemaharajaan Melayu. Selain ke tempat baru, adakalanya kembali ke bekas pusat kerajaan. Hal ini terjadi sejak awal berdirinya Kerajaan Semenanjung Melayu berpusat di Bentan atau Bintan sekarang bernama Kabupaten Bintan, Provinsi Kepulauan Riau. Berbagai penyebab terjadinya hal tersebut yang dilakukan kerajaan, di antaranya pengembangan kawasan yang dianggap strategis untuk dijadikan pusat pemerintahan, kepentingan perekonomian dan pengembangan kawasan atau memperluas teritorial kekuasaan kerajaan.
Pada 1673 Kerajaan Johor berpusat di Melaka dipindahkan Sultan Ibrahim Syah ke Hulu Riau. Daerah ini memiliki beberapa nama yaitu Kota Lama, Kota Rebah dan terakhir dikenal dengan nama Ulu Riau. Daerah ini sekarang secara administratif terdapat di wilayah Kota Tanjungpinang ibukota Provinsi Kepulauan Riau. Sultan memindahkan pusat pemerintahan Kerajaan Melayu ke daerah setempat membawa rakyatnya dengan jumlah yang besar. Hulu Riau dibangun menjadi pusat pemerintahan kerajaan sekaligus Bandar (Kota) oleh Laksemana Tun Abdul Jamil atas perintah Sultan Ibrahim Syah. Selain fungsi tersebut, Hulu Riau dijadikan pelabuhan bebas. Pada masa itu wilayah Kerajaan begitu luas meliputi Siak, Kampar, Pulau Tujuh atau Natuna, Trengganu dan Bangka.
Tetapi pada bulan Agustus atau September 1673, Gubernur Bort di Melaka menerima sepucuk surat daripada Laksamana Tun Abdul Jamil Johor yang mengatakan bahawa dia telah ditinggalkan oleh pemerintah Johor untuk memulihkan keadaan disana ( di Johor) dan bahwa dia akan pergi ke Pulau Bentan untuk melindungi pulau itu dan untuk melengkapkan kapal-kapal disana.
Pengakuan yang penting ini juga dilaporkan dalam Peringatan Sejarah Negeri Johor. Menurut sumber orang Melayu ini, Laksamana telah dititahkan oleh Sultan Abdul Jalil untuk pergi ke Pulau Bentan dan membangunkan sebuah petempatan di Sungai Carang, yang dipanggil Riau.
Dengan menyerahkan usaha memulihkan kerajaan itu kepada Laksamana, sepertimana yang didakwa oleh Laksama sendiri dalam suratnya kepada Gabenor Bort, Sultan Abdul Jalil hanya mengakui hakikat yang memang sudah sedia diketahui bahwa Laksamana adalah seorang yang paling layak melakukan tugas tersebut.
Langkah yang mula-mula sekali diambil oleh Laksamana ialah segera pergi ke Riau yang terletak di Pulau Bentan untuk mendirikan pangkalan pergerakannya. Dia mengakui bahwa ia terpaksa mengembalikan semula keyakinan para pedagang dan menjadikan Riau sebagai sebuah pusat perdagangan yang menarik seperti Johor Lama semasa sebelum dimusnahkan dahulu.
Pada bulan Oktober 1673, hanya beberapa bulan saja selepas pemusnahan Johor Lama, Laksamana telah menghantar sebuah kapal yang sarat dengan muatan lada hitam Banjarmasin ke Melaka dan meminta supaya dibayar dalam mata wang Spanyol. Permintaan untuk mendapatkan wang rial Spanyol adalah didorong oleh hasrat Laksamana untuk membeli bijih timah dari Siak kerana para peniaga disana hanya menjalankan perdagangan jual beli timah dengan menggunakan rial Spanyol yang berbentuk bujur itu. Dengan menggalakkan pemulihan semula hubungan dagangan Johor masa lampau dengan berbagai-bagai kawasan, Laksamana berharap akan dapat mendirikan semula corak perdagangan lama di pusat yang baharu yaitu di Riau.
Yang paling menggembirakan Paduka Raja ialah penduduk Melaka sendiri pun datang ke Riau untuk mendapatkan keperluan mereka. Penduduk Melaka telah mengadu kekurangan beras dan terpaksa pergi ke Riau kerana terdapat beras berlebih-lebihan di sana. Bagaimanapun, Paduka Raja enggan menjualnya dengan alasan bahawa beliau menyimpan beras sebagai persediaan untuk berperang dengan Jambi.
Kapal-kapal Jawa yang datang untuk berdagang ke Riau terdiri daripada kapal-kapal yang besar dan banyak jumlahnya jika dibandingkan dengan yang berlayar ke Melaka. Apabila diketahui bahwa kapal-kapal ini yang berlabuh di Riau yang datangnya daripada pantai timur Jawa semuanya dibekalkan dengan kebenaran dari Syarikat, pihak Belanda mula memberikan perhatian yang lebih serius kepada perdagangan Jawa sehingga berani menghalang salah sebuah kapal Paduka Raja yang berlayar ke Jawa Timur.