Setelah Sultan Abdul Jalil memerintah, penggantinya berturut-turut adalah Sultan Ibrahim Syah berkedudukan di Riau, kemudian Sultan Mahmud Syah II. Pada masa Sultan Mahmud Syah II memegang kekuasaan, usianya masih sangat muda yaitu sekitar 10 tahun. Oleh karena itu, kekuasaan dalam pemerintahan dijalankan oleh paduka Raja Tun Abdul Jalil. Pada 1688, sepeninggal Tun Abdul Jalil pemegang kekuasaan di Kerajaan Johor adalah Bendahara Seri Maharaja yaitu Tun Habib Abdul Majid. Beliau meninggal dunia pada tahun 1697.Puteranya yaitu Tun Abdul Jalil diangkat sebagai Bendahara Johor bergelar Bendahara Paduka Raja.
Pada 1688, pusat pemerintahan Kerajaan Johor Riau-Lingga dipindahkan dari Kota Rebah ke Johor kembali. Perpindahan kembali pusat pemerintahan ke Johor antara lain diseabkan oleh terbakarnya kubu-kubu pertahanan di Riau (Kota Rebah). Berikut petikan yang menggambarkan perpindahan kembali pusat pemerintahan dari Kota Rebah ke Johor pada tahun 1688.
Pada awal bulan Julai 1688, kubu-kubu pertahanan di Riau telah musnah dijilat api sama sekali dan seluruh penduduknya telah dipindahkan dari pulau itu untuk memulakan suatu penghidupan baru di suatu petempatan yang baru di Sungai Johor. Apabila mereka tiba saja di Johor, persiapan-persiapan segera dimulakan untuk membina kubu-kubu pertahanan bagi melindungi bandar yang baru dibina itu dengan bantuan orang-orang Siam.
Orang-orang Siam ini merupakan sebahagian daripada perwakilan besar yang mengandungi empat puluh buah kapal yang telah dihantar oleh Raja Narai kepada Sultan Mahmud sebelum kejatuhan Paduka Raja. Oleh karena mereka itu, secara rahsia telah memberikan sokongan mereka kepada Bendahara sebelum perampasan kuasa yang sebenarnya. Mereka sekarang diberi layanan yang amat baik oleh kerajaan yang baharu itu.
Dalam perkembangannya, di Kerajaan Johor ini terjadi konflik berkepanjangan yang mengakibatkan perpecahan dalam jangka waktu yang relatif lama. Pemicu dari konflik tersebut adalah pada tahun 1699, terjadi konflik yang berakibat pembunuhan Sultan Mahmud oleh Megat Seri Rama seorang panglima bergelar Laksamana Bintan.Peristiwa tersebut dianggap sebagai pendurhakaan yang tidak dapat diampuni.