Dalam Kitab Bustan al-katibin oleh Raja Ali Haji dibagi kepada tiga bahagian, iaitu bahagian Mukadimah atau Pendahuluan, bahagian Fasal-fasal yang berisi 30 Fasal, dan bahagian Khatimah yang merupakan Penutup. Adapun isi dari masing-masing bahagian tersebut iaitu :
- Mukadimah
Bahagian Mukadimah memperkatakan tentang kelebihan ilmu, akal, adab, dan budi bahasa. Beliau memetik sebuah hadith dan mempertutunkan matannya sekali serta memberi ertinya, iaitu:”…barang siapa dikehendaki Allah Ta’ala kebajikan diberi faham dia pada ilmu al-din yakni ilmu agama’’, maka dengan ini Raja Ali Haji telah membincangkan kelebihan ilmu dan akal dengan panjang lebar. Antara hujahnya sambil memetik kenyataan-kenyataan tertentu, ialah “akal ialah sebaik-baik perhiasan”; “kelebihan itu ;akal dan adab dan tiada sebab bangsa dan sebab asal, jikalau beberapa pun bangsa(keturunan) jika tiada ilmu, akal dan adab kebawah juga jatuhnya, yakni kehinaan juga diperolehnya”; ‘tanda ber’akal segera faham”; ‘’buah akal itu membaikkan ikhtiar, dan tandanya bersahabat dengan orang yang pilihan daripada orang yang baik-baik”; “barang siapa jahat adabnya sia-sialah bangsanya(keturunannya)’’, “apabila tiada ilmu dan akal, alamat tiadalah ia mencium bau kemuliaan dan sangatlah jinak kehinaan kepadanya, maka terbukalah pintunya, maka masuklah kehinaan itu pada tiap-tiap pintu itu. Apabila penuhlah sudah segala sifat yang kehinaan pada badan seseorang maka keluarlah ‘akal itu dari pada kota tubuh yang busuk-busuk itu karena tiada tempat ia baginya…apabila sudah keluar akalnya itu daripada badannya, malu pun mengikut(keluar) jualah ia. Maka tatkala itu adalah hukumnya badan itu… seperti binatang yang buas atau seperti syaitan dan iblis yang kena laknat Allah…iniah balanya yang ketiadaan ‘ilmu dan akal’’.
- Fasal-Fasal
Terdapat 30 Fasal semuanya yang terdiri daripada perkara-perkara berikut:
Fasal 1 hingga fasal 9, terdiri daripada huraian tentang peraturan ejaan Jawi bahasa Melayu, iaitu tentang 30 abjad daripada bahsa Arab dengan tambahan empat abjad iaitu ca,ga,nga, dan nya untuk fonem Melayu, tetapi tegas Raja Ali Haji”… diambil rumahnyadaripada rumah Arab jua”. Namun beliau tidak membezakan antara fonem Melayu pa dengan fonem Arab fa yang keduan duanya dilambangkan oleh abjad Arab fa.
Fasal 10 hingga Fasal 13 mengandungi huraian tentang kelas kata yang terbagi kepada tiga golongan: kelas kata isim iaitu kata nama, fi’il iaitu kata kerja, dan harf iaitu kata partikel. Tiap-tiap satu golongan itu dipecahkan lagi kepada anak golongan kecil yang huraikan beliau satu per satu.
Fasal 14 dan fasal 15 mengandungi huraian tentang unit-unit tatabahasa, iaitu ayat/klausa (istilah pengarang “perkataan-perkataan), frasa (istilah pengarang kata-kata”) dan perkataan (istilah pengarang “kata”).
Fasal 16 hingga fasal 28 mengandungi huraian tentang pelbagai binaan sintaksis; ayat/kalusa dan pelbagai pola binannya berdasarkan jenis-jenis subjek dan predikat yang berbeda-beda;frasa dan pebagai jenis binannya; dan perkataan sebgai unsur terkecil sintakis.
Fasal 29 menerangkan prinsip dan peraturan menyusun perkataan dalam membuat karangan iaitu dari segi apa yang pelu diutamakan dan didahulukan.
Fasal 30 ialah sambungan prinsip dan peraturan membuat karangan iaitu dari segi apa yang patut didahulukan, ditinggikan, dan diutamakan (pengarang telah menyenaraikan perkara-perkaranya dengan terperinci termasuklah” bahasa raja-raja’). Fasal ini juga menerangkan kaedah membuat surat kiriman dari segi pendahuluan, kandungan, dan penutupnya.
- Khatimah
Bahagian ini merupakan penutup yang mengandung tiga pesan iaitu:
- Pesan yang pertama ditujukan kepada para penuntut supaya mematuhi segala adab, syarat dan peraturan menuntut ilmu.
- Pesan yang kedua ditujukan kepada guru, dianjurkan supaya mengajar secara tertib mengikut segala susunan bab-bab dan fasal-fasalnya.
- Pesan yang ketiga ditujukan kepada para penyalin kitab ini, dianjurkan supaya tidak mengurangi atau melebihi segala kandungan kitab, dan supaya berdoa kepada Allah agar di ampuni pengarangnya, dan juga menghadiahkan Fatihah kepada pengarangnya.
Dengan mematuhi prinsip dan peraturan yang ditetapkannya sendiri, Raja Ali Haji mengakhiri tulisan beliau Kitab Bustan al katibin ini dengan sholawat dan salam kepada Rasullah SAW dan keluarga serta sahabatnya, dan dengan bersyukur kepada Allah SWT. Iaitu al-hamdulillahi Rabbi’l-‘alamin.