Kerajaan Melayu Riau-Lingga merupakan bahagian dari perjalanan berikutnya dari imperium Melaka yang termasyhur. Kerajaan ini memulai pandangan baru yang menempatkan pusat pemerintahan bukan lagi sebagai inti dri eksistensi kehidupan Negara-bangsa (nation-state). Ada suatu masa pusat kerajaan diletakkan di Johor disebut kerajaa Johor dan suatu masa berikutnya berpindah pula ke Riau dengan nama sesuai dengan nama tempat baru itu. Kerajaan Johor diazaskan sejak tahun 1528, semenjak Sultan Mahmud terpaksa keluar dari Melaka oleh gempuran Portugis dan memilih bermastautin di Pulau Bintan sebagai tempat bertapak agar dapat terus memerangi Portugis. Pada masa kebesaran Melaka, Pulau Bintan merupakan suatu kawasan pegangan Bendahara. Perpindahan itu berlangsung berkali-kali hingga pada akhirnya Sultan Sulaiman benar-benar berpusat kerajaan di Riau. Sebagai sebuah pelabuhan bebas bertempat di Sungai Carang, Pulau Bintan pada tahun 1673, kawasan kerajaan berkenaan masih meliputi kawasan yang luas.
Kawasan Kerajaan Johor dan Riauu-Lingga meliputi sebahagian Tanah Semenanjung serta pulau-pulau disebelah Selatan seperti Singapura. Bintan, Karimun, Kundur hingga ke gugusan Pulau Lingga dan Siantan di sebelah Timur, serta beberapa kawasan di Sungai Indragiri, Sungai Siak, dan Sungai Kampar di sebelah Barat –dalam peta administrasi dan geopolitik Indonesia saat ini wilayah ini dinamakan Provinsi Riau (kepuluan dan daratan) kawasann ini bahkan hingga ke Jambi. Laksamana Tun Abdul Jamil pada tahun 1673 mulai membangun Riau dengan membuka sebuah pangkalan dan pelabuhan yang diberi nama Riau. Pemberian nama sesuai dengan situasi dan keadaan tempat tersebut, pertama sebagai tempat yang ramai sehingganya disebut “riuh”, dann kedua pendapat berdasarkan nama yang diberikan oleh orang Portugis “rio” yang berarti “sungai” .2 Laksamana Tun Abdul Jamil menilai tempat itu sebagai tempat yang baik sebagai pusat pemerintahan. Karena itu, beliau pun memindahkan pusat pemerintahan Johor yang ada di Semenanjung di pindahkan ke Riau.
Kerajaan Riau Lingga dengan daratan Lingga sebagai tempat yang menjadi pusat kerajaan ini. Lingga adalah suatu kerajaan yang dipegang oleh Sultan yang secara tradisi dalam minda orang Melayu merupakan tanah bunda meraka, tanah induk tamadun Melayu.
Pada masa Sultan Abdul Jalil Syah (III) (1623-1677) Johor diserang dan dikalahkan oleh angkatan Jambi pada tahun 1673. Pusat kerajaannya kemudian dipindahkan ke Pahang, oleh Sultan Tun Abdul Jamil, beliau membina kembali kekuatan Johor, pada tahun 1679 Laksamana Tun Abdul Jamil Berjaya mengambil Jambi. Namun pada tahun 1683 pusat kerajaan kerajaan Johor kembali dipindahkan ke Johor di Tanah Semenanjung. Selepas itu perpindahan pusat kerajaan dari Johor ke Riau dan sebaliknyajuga terjadi pada tahun 1708 semasa kerajaan Sultan Abdul Jail Riayat Shah. Pada tahun itu saja terjadi tiga kali perpindahan pusat kerajaan dan Panchor ke Pulau Riau, kemudiannya kembali semula ke Panchor yaitu ditanah besar Johor. Sultan Sulaiman kemudian bersemayam semula di Riau. Perpindahan kemudian terjadi pada 21 Desember 1804 manakala Raja Ali mengambil alih kuasa di Johor dan memegang jawatan Yamtuan Muda, pusat pentadbiran pindah ke Penyengat setelah terjadii pertelingkahan dengan Unngku Muda.
Berdasarkan catatan perpindahan yang berulang-alik itu, pusat kerajaan bagi kerajaan Melayu Johor-Riau bukanlah suatu hal yang penting bagi masyarakat dan kalangan atas. Kedudukan ‘pusat kerajaan’ dalam pandangan kerajaan Melayu tidak dimitoskan dan tidak dikeramatkan. Dalam banyak peristiwa perpindahan pusat kerajaan tidak ada sakralisasi tempat seperti itu. Bukannya tidak terjadi sentralisme kekuasaan, namun struktur masyarakatnya sama ada tatanan social dan hak-hak sipil dilindungi dan bebas. Rakyat mengikuti alur dan pola perpindahan. Tugas pusat kerajjab pada masa lalu tidak statis untuk mengartikulasikan kehendak rakyat. Banyak hal dalam pandangan-pandangan terhadap hal ini tampak sejalan dengan paham wahabi di tamaddun arab.