Berdirinya Kesultanan Johor-Riau disebabkan oleh kejatuhan Melaka di tangan Portugis pada tahun 1511 Masehi. Sulatan Melaka yang terakhir Sultan Mahmud Syah I bersama keluarga dan pembesarnya mengundurkan diri ketika terjadinya penyerangan yang tertubi-tubi yang dilakukan oleh pasukan Portugis. Namun ketika itu Sultan Mahmud Syah I dalam pelariannya masih beberapa kali melancarkan serangan untuk mengambil kembali Melaka akan tetapi masih saja gagal karena Portugis menerapkan taktik dengan menyerang tempat-tempat yang membekalkan tenaga tentara kepada Sultan dan kemudian menyerang Bintan yang menyebabkan Sultan tidak mendapatkan bantuan.
Setelah Bintan jatuh, barulah Sultan Mahmud Syah I melarikan diri ke Kampar dan pada tahun 1528 beliau mangkat di Kampar dan digantikan oleh putera baginda dengan Tun Fatimah yang bernama Raja Ali dengan gelar Sultan Alauddin Riayat Syah II. Sultan Alauddin melanjutkan perjuangan ayahnya untuk mempertahankan kerajaan. Beliau meninggalkan Kampar lalu pindah ke Johor dan Kemudian menyusun strategi untuk melawan Penjajah. Adapun nama-nama Sultan yang memerintah Kesultanan Johor-Riau ialah:
- Sultan Mahmud Syah I (1511-1528)
- Sultan Alauddin Riayat Syah II (1528-1564)
- Sultan Muzaffar Syah II (1564-1570)
- Sultan Abdul jalil Syah I (1570-1571)
- Sultan Ali Jalla Abdul Jalil Syah II (1571-1597)
- Sultan Alauddin Riayat Syah III (1597-1615)
- Sultan Abdullah Muayyat Syah (1615-1623)
- Sultan Abdul Jalil Syah III (1623-1677)
- Sultan Ibrahim Syah (1677-1685)
- Sultan Mahmud Syah II (1685-1699)
- Sultan Abdul Jalil Riayat Syah IV (1699-1718)
- Sultan Abul Jalil Rahmat Syah (1718-1722)
Kesultanan Johor-Riau merupakan sistem kesultanan yang terunggul dan gemilang dalam sejarah Melayu. Dalam sejarahnya Johor telah memperlihatkan kekuatan politik ,pemerintahan, budaya,intelek dan persuratan yang dapat dibanggakan. Johor mulai menguasai Selat Melaka da menjadi pusat utama perdagangan dunia dari tahun 1641, pada masa pemerintahan Sultan Abdul Jalil Syah III (1623-1677). Pada masa pemerintahannya, Johor makmur dan maju. Pada tahun 1641 dua kekuasaan besar saat itu Portugis dan Aceh tidak lagi mengganggu kerajaan Johor karena Portugis kalah oleh Belanda dan Sultan Iskandar Tsani Aceh mangkat.
Pada masa itu wilayah kerajaan johor mulai terlihat jelas yang meliputi ; Sungai Klang, Kuala Linggi, Sungai Siak, Sungai Kampar, Bengkalis, Riau, Unggaran, pulau Karimun, Lingga, Bentan dan Pulau –Pulau sekelilingnya.