Berdasarkan Surat Keputusan Wali Kota Tanjungpinang Nomor 229 Tahun 2017 tentang Penetapan Satuan Ruang Geografis Pulau Penyengat Sebagai Cagar Budaya terdapat sebanyak 46 Cagar Budaya yang terdiri dari Bangunan, Struktur dan Situs. Pulau Penyengat merupakan warisan budaya melayu yang menyimpan tapak-tapak sejarah terkait eksistensi dan dan kerajaan Melayu Riau Lingga pada masanya.
Hingga sekarang cagar budaya peninggalan sejarah Kerajaan Melayu Riau Lingga masih ada dan terus dilestarikan keberadaannya. Pulau Penyengat juga telah ditetapkan sebagai Cagar Budaya Peringkat Nasional berdasarkan Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 112/M/2018. Adapun Nama-nama dari Cagar Budaya yang ada di Pulau Penyengat antara lain :
- Mesjid Raya Sultan Riau Penyengat
- Gedung Hakim
- Gudang Mesiu
- Gedung Tabib
- Rumah Raja Daud
- Perigi Puteri
- Istana Bahjah dan Taman Pantai
- Benteng Bukit Kursi
- Benteng Bukit Penggawa
- Benteng Tanjung Nibung
- Kubu Pertahanan
- Kolam Kecik Raja Musa
- Komplek Makam Aceh
- Komplek Makam Baqa
- Parit Kuno
- Perigi Sulu
- Perigi Tua 1
- Perigi Tua 2
- Perigi Tua 3
- Perigi Tua 4
- Perigi Tua 5
- Perigi Tua 6
- Perigi Tua 7
- Perigi Tua 8
- Perigi Tua 9
- Perigi Tua 10(Sisi Barat Daya Masjid Penyengat)
- Tapak Dermaga Lama
- Tapak Dermaga Sultan Sisi Selatan
- Tapak Istana Kuning
- Tapak Istana Laut
- Tapak Istana Raja Marewah
- Tapak Percetakan Kerajaan
- Tapak Rumah Engku Embi
- Tapak Dermaga
- Perigi Kursi
- Istana Kedaton
- Istana Ali Marhum Kantor
- Istana Engku Bilik
- Komplek Makam Embung Fatimah
- Komplek Makam Raja Abdurrahman
- Komplek Makam Raja Haji Fisabilliah (YDMR IV)
- Komplek Makam Raja Jafar (YDMR VI)
- Makam Datuk Ibrahim
- Makam Datuk Kaya Mepar
- Makam Habib Sheikh Bin Habib
- Komplek Makam Engku Puteri Raja Hamidah